國家稅務總局《關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函[2010]220號）第三條第一款規定，財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，在按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5%以內計算扣除。第二款規定，凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。上述具體適用的比例按省級人民政府此前規定的比例執行。
針對上述規定，房地產開發企業應注意以下幾點：
第一，國稅函[2010]220號文件規定，稅前扣除的金融機構利息費用不能超過商業銀行同類同期貸款利率，那么，何為“同類同期貸款利率”？“同類同期貸款利率”是否是基準利率？國家稅務總局《關于企業貸款支付利息稅前扣除標準的批復》（國稅函[2003]1114號）指出，按照中國人民銀行規定，金融機構貸款利率包括基準利率和浮動利率，因此，金融機構同類同期貸款利率包括中國人民銀行規定的基準利率和浮動利率。需要注意的是，國稅函[2003]1114號文件當時是針對企業所得稅稅前扣除作出的規定。從2004年10月29日起，中國人民銀行決定進一步放寬金融機構貸款利率浮動區間，金融機構（不含城鄉信用社）的貸款利率原則上不再設定上限，所以，“同類同期貸款利率”并非基準利率。在當前對房地產業宏觀調控的大背景下，不排除開發企業從金融機構融通資金的利率顯著偏高的情況，而國家對浮動利率又未設定統一標準和上限，故在實務操作中，如何把握“同類同期貸款利率”，需要關注主管稅務機關執行政策的口徑。
第二，國稅函[2010]220號文件規定的扣除比例都是5%“以內”或者10%“以內”，后文中又要求“上述具體適用的比例按省級人民政府此前規定的比例執行”。因此，開發企業應注意所在省份規定的具體扣除比例。
第三，在目前對開發企業限制放貸的情況下，如果開發企業的資金全部來源于非金融機構借款的，通常利率較高，利息支出較大，而在土地增值稅清算時，只能按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內扣除，可能導致實際發生的利息費用超限額的問題。這是房地產開發企業籌劃融資結構時應考慮的問題。
第四，開發項目全部使用自有資金，沒有利息支出的，開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。這一規定對于開發企業而言是相對有利的。例如合作建房項目，如果開發企業提供土地使用權，合作方（投資方）提供合作資金，《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發[2009]31號）規定，開發企業不得在稅前列支支付給合作方（投資方）的利息。事實上，既然是合作建房，合作雙方對合作項目是利益共享、風險共擔的，它不同于到期固定還本付息的借貸資金行為，開發企業也不應向合作方（投資方）支付固定利息。在此情況下，合作方（投資方）注入的資金如果是通過其他渠道融入的，相應的資金成本將無法反映到開發企業的賬面。國稅函[2010]220號文件規定的扣除比例在一定程度上有利于客觀反映土地增值額，合理減輕開發企業的稅收負擔。假定某省規定凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用的扣除比例統一為10%。在開發企業大量使用自有資金或合作建房資金的情況下，即使賬面較少出現利息費用，也可以按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%扣除開發費用。
值得注意的是，一些房地產開發企業習慣于從母公司或其他關聯企業借入資金掛作“其他應付款”等而不實際結算利息，對于母公司或關聯企業而言，主管稅務機關事后往往要求該關聯資金融通交易必須結算利息并補繳稅款，從而產生稅收風險。所以，開發企業應注意按照獨立交易原則與關聯方及時結算利息費用。
此外，國稅函[2010]220號文件第三條規定，房地產開發企業既向金融機構借款，又有其他借款的，其房地產開發費用計算扣除時不能同時適用本條第一款、第二款所述兩種辦法。據此規定，如果開發企業存在多種渠道、來源的借款，不可將從金融機構取得的借款費用據實扣除，同時又將其他渠道的借款費用與其他開發費用一并按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除，而只能在國稅函[2010]220號文件第三條第一款、第二款所述兩種辦法中選擇一種確定扣除金額。
例如：某開發項目取得土地使用權成本為20000萬元，開發成本10000萬元，其中，“開發成本——開發間接費用”中列支利息支出200萬元。項目開發期間的“財務費用——利息支出”為100萬元，其中向關聯企業借入資金的利息支出為60萬元，借款利率不超過同期同類銀行貸款利率。假定該開發項目所在省規定的開發費用計算扣除比例分別兩種情況為5%或10%。
由于利息支出不能作為開發成本直接扣除，也不允許加計扣除，故可以作為土地增值稅扣除項目的開發成本為10000－200＝9800（萬元）。
按照第一種方法計算可扣除開發費用為（200＋100－60）＋（20000＋10000－200）×5%＝1730（萬元）；按照第二種方法計算可扣除開發費用為（20000＋10000－200）×10%＝2980（萬元）。
國稅函[2010]220號文件規定開發企業不得同時使用上述兩種方法，即不得將可扣除的開發費用計算為（200＋100－60）＋（20000＋10000－200）×10%＝3220（萬元）。不過，國稅函[2010]220號文件及之前的稅收法規中均未限定開發企業在前述兩種方法中選擇哪一種，也沒有規定孰低原則，故開發企業在納稅籌劃時，可以用不能全部提供金融機構利息證明為事實依據，與主管稅務機關確認后，采取上述第二種方法進行土地增值稅開發費用的計算扣除，從而實現較好的籌劃結果。
土地增值稅清算時，利息支出無論按哪一種方法扣除，其與企業所得稅稅前扣除的利息支出不同之處還在于，后者規定開發企業從關聯企業借入的資金（債權性投資）不得超過其凈資產的兩倍，超過部分一般情況下不得在稅前扣除，而前者并不存在這一限額規定。
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